Desde el destino:

$ rsync -av dir_destino usuario@origen:/dir_origen/

Desde el origen:

# rsync -av dir_origen/ usuario@destino:/dir_destino/ 

Hay que tener en cuenta que con rsync cuando indicamos «/dir/» se refiere al contenido del directorio y cuando especificamos «/dir» se refiere al directorio.

Si queremos preservar los permisos añadimos -p:

$ rsync -avp dir_destino usuario@origen:/dir_origen/