El truco está en crear un script de Visual (por ejemplo c:\windows\invisible.vbs) que contenga lo siguiente:

CreateObject(«Wscript.Shell»).Run «»»» & WScript.Arguments(0) & «»»», 0, False

Luego al ejecutar el .bat usamos:

c:\> wscript.exe c:\windows\invisible.vbs nuestro_fichero.bat