Teniendo un fichero «lista» donde hay un nombre de fichero con su ruta relativa por cada línea, que sabemos que existe en 2 directorios distintos,  si queremos buscar las diferencias entre ambos ejecutamos:

# for i in `cat lista`; do echo;echo «Fichero $i»;echo;diff /home/directorio/$i /home/directorio2/$i;done